Обычно рекоммендуют не разделять базу знаний. Единой базой проще управлять.
Также у хорошей базы должно быть такое свойство, как наличие цели. Без нее база знаний из инструмента мышления превращается в барахолку.
Отсюда мораль - единственная достойная причина разделения базы знаний на части - наличие различных целей.
Сейчас я пришел к тому, что от моей основной базы отделилась рабочая база, а также база знаний по DevOps практикам.