В то время как ссылки и теги гораздо лучше директорий решают задачи поиска информации, у директорий в плане организаций также имеются неоспоримые преимущества.
Выделение смыслов
Мой опыт работы со ссылками и тегами показывает, что не очень удобно работать со ссылками и тегами как с чем-то большим, чем инструмент поиска. При использовании только их я не вижу общей картины - над чем я работаю и что может быть интересно. Выделение отдельных папок по сути формирует смыслы в твоих заметках. Помогает выделить то над чем ты работаешь из разрозненного облака заметок.
ВАЖНО
При создании папок важно всегда держать в голове, для какого действия они создаются! Building a Second Brain - Tiago Forte
Визуализация
Папки максимально наглядно показывают твою структуру знаний. Да, ссылраф выглядит красивенько, но на практике как-то привычней работать и смотреть на директории.
Универсальность
Как ни крути, а каталоги файловой системы - это супер базовая в технологическом смысле схема организации информации. Если вдруг обсидиана не станет, то Вся организационная структура сильно поедет.